Après une longue période de construction, étalée pendant plus de dix ans, le grand orgue de la Rédemption est inauguré officiellement le 11 février 1900 à 16h30 en grande pompe. De la même manière que la décoration de la nouvelle église avait été élaborée progressivement, en fonction des possibilités financières de la paroisse, l'instrument avait lui aussi été édifié par étapes: concu et commencé par Joseph Merklin lui-même, il fut achevé après la retraite de celui-ci par son gendre qui avait repris la société, Charles-Michel, sur la base toutefois des plans de son concepteur initial.

Une première tranche de travaux avait permis d'installer deux premiers claviers (grand­orgue et récit avec machines Barker) et 33 jeux, sans buffet, d'abord dans le choeur côté évangile à partir de 1879, puis sur une nouvelle tribune construite pour l'occasion vers 1885. Les 11 jeux restant et le clavier de positif firent l'objet de travaux supplémentaires jusqu'au 16 mars 1899. La dépense totale avait été de 75000 francs.

Le « Petit Paroissial de la Rédemption» fait état au fil des mois de 1899 de la progression des travaux:

« Dans la semaine, on dirait un chantier, où l'on n'entend que marteaux qui résonnent sur les planches des échafaudages, ciseaux des sculpteurs qui attaquent le granit des chapiteaux, ou mugissements de l'orgue qui essaie ses derniers jeux. » (6ème numéro du mois d'août).

Ou bien:

« Le soubassement de l'orgue est déjà placé. Déjà, on peut se rendre compte du notable embellissement que cette oeuvre d'art apportera à l'église ». (septembre).

En février 1900:

« Le buffet de l'orgue est terminé. Il ne reste plus qu'à placer quelques tuyaux de montre; et le deuxième dimanche de février (probablement), nous procéderons à l'inauguration de ce bel instrument de 45 jeux ».

« Notre grand-orgue, oeuvre magnifique de M. Merklin, notre paroissien, est enfin muni de son artistique buffet ».

L'article d'inauguration, publié par la « Semaine Religieuse du diocèse de Lyon » le 23 février 1900, ne tarissait pas d'éloge sur l'orgue. En voici quelques extraits:

« La Maison Charles Michel-Merklin, qui jouit d'une si juste réputation en France et à l'étranger, vient de terminer le grand orgue de la paroisse de la Rédemption, à Lyon. Ce superbe instrument de quarante-cinq jeux, commencé il y a quinze ans, était resté inachevé ( ... ). Cet orgue, l'un des plus beaux de notre cité lyonnaise, comprend trois claviers manuels et un clavier de pédale.
Le premier clavier (le grand-orgue) possède treize jeux, parmi lequels on remarque un superbe principal de seize pieds en montre, d'une sonorité ronde et d'une ampleur remarquable; une gambe, dont le mordant égale la finesse; les jeux d'anches d'une grande puissance, sans être criards.
Au positif (deuxième clavier), qui renferme onze jeux, on ne saurait trop louer la finesse et le velouté des flûtes, le gemshom au charme pénétrant, la clarinette d'un effet si pittoresque, la doublette, la quinte et la fourniture qui impriment à ce clavier un charme tout archaïque.
Le récit (dix jeux) attire notre attention par sa voix céleste, d'un effet aérien, et son hautbois, d'une délicatesse que l'on trouve seulement dans les instruments de Cavaillé-Coll et de Michel-Merklin. La pédale forte de dix jeux, résonne
puissamment, en servant d'appui à l'instrument tout entier. Ne passons pas sous silence la quinte, qui forme un trente-deux pieds acoustique, et les jeux d'anches d'une grande plénitude. (...)
Le dimanche 11 février dernier, l'église était remplie comme aux jours de fête d'une nombreuse assistance qui comprenait les paroissiens accourus en grand nombre, et les amateurs de musique venus de toute la ville de Lyon ( ... ).
Le lendemain de cette belle cérémonie une commission composée de plusieurs organistes et amateurs distingués se réunit pour examiner et vérifier les travaux.(...) Après une inspection détaillée de l'instrument, le jury accepta le beau travail de M. Michel-Merklin avec félicitations. Le plus bel éloge nous fut donné d'ailleurs, le jour de l'audition, par un des assistants qui déclara avec enthousiasme, en partant de l'orgue « C'est du Cavaillé-Coll !»